Dans un communiqué publié le 19 mars, le ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, justifie sa décision. « Le jury a pris acte des avancées réalisées par les porteurs du projet de Toulouse dans un contexte difficile, de leur volonté de construire une université reconnue comme telle à l'international et de l'émergence d'une nouvelle dynamique visant à tirer parti du fort potentiel scientifique et des nombreux atouts du site. Il a toutefois jugé celles-ci insuffisantes pour permettre d'atteindre l'objectif que le projet s'est fixé, faute d'une réelle adhésion de tous les acteurs à une véritable démarche de transformation qui réponde aux objectifs de l'action Idex. » 

« Nous sommes profondément déçus de la décision du jury de ne pas avoir retenu, au titre de la labellisation Idex (Initiative d'Excellence), ce projet UNITI 2018. Notre déception est à la hauteur de la forte mobilisation, derrière Philippe Raimbault, président de l'Université Fédérale de Toulouse-Midi-Pyrénées (UFTMP), des présidents d'universités, des établissements de recherche et des écoles d'ingénieurs qui ont joué le jeu, à qui nous rendons hommage », ont déclaré, dans un communiqué commun, Jean-Luc Moudenc, maire de Toulouse et président de Toulouse Métropole, Carole Delga, présidente de la Région Occitanie et Georges Méric, président du conseil Départemental de la Haute-Garonne.
« Nous regrettons toutefois les postures de certains autres qui n'ont pas été à la hauteur de l'enjeu, car cette décision prive nos établissements de formation supérieure et de recherche d'une reconnaissance internationale méritée et de moyens financiers conséquents, puisque pas moins de 25 M€ par an étaient à la clé. Nous notons également que l'État reconnaît la grande qualité du site toulousain, mais que le système de gouvernance a été jugé insuffisant, ne convaincant pas le jury international, emportant donc la décision du Gouvernement en ce sens (...). Nous formons le vœœu que l'État leur apporte d'autres formes de soutien susceptibles de donner à l'enseignement supérieur toulousain des perspectives nouvelles pour son développement à venir. » 

« Le résultat est sévère pour Toulouse mais réaliste, réagit dans un autre communiqué Jean-Louis Chauzy, président du Ceser Occitanie. L’Université Jean Jaurès est paralysée par 600 activistes, sur 20 000 étudiants, qui ont combattu le projet d’évolution, préférant marginaliser leur université alors que tout bouge en Europe et dans le monde. Toulouse-Capitole a préféré préserver son statut et rester seulement associée (...). Seules l’Université Paul Sabatier, les écoles d’ingénieurs et les organismes de recherche partageaient le projet. Ce sont ces organismes qui par la qualité de la recherche, des formations et de la valorisation permettent les partenariats nécessaires et la notoriété mondiale du tissu industriel (aéronautique, spatial et systèmes embarqués, industrie du médicament, dermatologie etc.). Aujourd'hui, les Universités de Toulouse et de Montpellier sont privées de l’Idex. »

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