Annoncée lors d'une conférence de presse, vendredi 2 octobre, la candidature de l'Université de Montpellier à l'Idex, hors de la Communauté d'universités et établissements (Comue), ne fait pas l'unanimité. Si une vingtaine d'établissements de recherches (IRD, Cirad, Inra, CNRS, Inserm, Ifremer, CHU de Nîmes et Montpellier, BRGM...) et écoles (supérieure de chimie, beaux arts, d'architecture, Sup'Agro, Ecole des Mines d'Alès) sont pour une telle démarche, les autres université de la région (Montpellier 3, Perpignan et Nîmes) sont contre. « L'université de Montpellier a fait le choix de nous exclure de l'Idex », regrette Anne Fraïsse, présidente de Montpellier 3 alors que Fabrice Lorente (président de Perpignan) relève sur le site d'information spécialisé Educpros.fr : « L'université de Montpellier prend l'entière responsabilité de s'être désolidarisée d'un projet collectif. »

De son côté, François Pierrot, vice-président de l'Université de Montpellier chargé de la coordination de l'Idex, se défend : « Nous avons une divergence sur l'interprétation des appréciations du dernier jury. Ce que nous comprenons, c'est qu'in fine, la logique veut que nous allions ensemble vers la création d'une seule université. Vingt partenaires de l'enseignement et de la recherche l'ont compris... Ce n'est pas l'avis de trois universités, dont acte. Je note qu'à l'étranger, les universités d'envergure internationale n'ont pas cinq conseils d'administration. »