Il est nommé directeur de cabinet de la communauté d’agglomération située au sud est de Toulouse et regroupant 36 communes. Emmanuel Auger a pris ses fonctions le 15 février 2016 après avoir occupé le poste de directeur général des services de la mairie d’Escalquens depuis 2008. « Interlocuteur privilégié des institutions, région, département et métropole, il aura pour mission de renforcer les collaborations existantes et de rechercher de nouveaux partenariats au service de l’intercommunalité. Ce recrutement s’inscrit par ailleurs dans l’objectif d’une efficience renforcée de la collectivité, dans un contexte inédit de contribution des collectivités au remboursement de la dette publique » précise l’intercommunalité présidée par Jacques Oberti.