Sur les 120 M€ qui seront engagés sur les années 2009 et 2010 par les Voies Navigables de France pour développer et améliorer les infrastructures fluviales françaises, 4,87 M€ seront destinés au Canal des Deux Mers.
Cette voie navigable ayant uniquement une vocation touristique, elle n’est donc pas dans la cible du gouvernement pour son plan de soutien à l’activité. Toutefois, elle va bénéficier de quelques mesures générales destinées à améliorer l’état de son réseau, la sécurité et les méthodes d’exploitation, à hauteur de 4,87 M€. 3,04 M€ en 2009 et 1,83 en 2010.