Deux ans après avoir vu son premier projet être retoqué, l’Université fédérale de Toulouse Midi-Pyrénées (UFTMP) essuie un nouveau revers : le label Idex (Initiative d’excellence) lui est une nouvelle fois refusé le 19 mars. Et, avec lui, une dotation de 750 M€ générant environ 25 M€ d’intérêts par an. Le projet toulousain s’appuyait sur « l’intégration », au sein d’une seule entité, de l’Université Toulouse II Jean-Jaurès, de l’Université Toulouse III Paul-Sabatier, de l’INP et de l’Insa de Toulouse. Le ministère de l’Enseignement supérieur justifie sa décision : « Le jury a pris acte des avancées réalisées par les porteurs du projet de Toulouse dans un contexte difficile, de leur volonté de construire une université reconnue comme telle à l'international et de l'émergence d'une nouvelle dynamique (…). Il a toutefois jugé celles-ci insuffisantes (…), faute d'une réelle adhésion de tous les acteurs à une véritable démarche de transformation. » La décision intervient dans un contexte de blocage de l’Université Toulouse II Jean-Jaurès, dont une partie des étudiants et du personnel dénonce un projet de « fusion ». L’État a d’ailleurs annoncé – au lendemain des résultats de l’Idex – la dissolution pure et simple des conseils centraux de cette même université, provoquant la démission de l'ancien président Daniel Lacroix et la nomination d’un administrateur provisoire, Richard Laganier, en attendant la tenue de nouvelles élections.
Quid, dans ces circonstances, de l’avenir du projet d’ « intégration » de l’université toulousaine ? Pour les quatre établissements concernés, il est encore trop tôt pour se prononcer, même si l’envie de « poursuivre la dynamique enclenchée » est bel et bien là. « Sous quelle forme juridique et sur la base de quel calendrier, nous verrons bien », glisse Philippe Raimbault. « Mais au-delà de l’Idex, nous sommes bien décidés à poursuivre la construction de l’université de Toulouse ! », insiste François Demangeot, vice-président du CA de l’Université Toulouse III Paul Sabatier. Olivier Simonin, président de Toulouse INP, acquiesce : « On peut avoir un avenir en dehors de l’Idex. Nous n’aurons pas l’argent, certes, mais nous serons les maîtres de notre projet. » La mésaventure toulousaine fait écho côté Montpellier, où l’université s’est vue refuser le label Idex à trois reprises, faute de présenter un front suffisamment uni. Finalement, en février 2017, le commissariat général à l’investissement a attribué le label I-Site au projet Muse (Montpellier Université d’Excellence) porté par l’Université de Montpellier et 19 établissements. Avec, à la clé, une dotation financière de 550 M€. Les deux métropoles comptent environ 185 000 étudiants (75 000 à Montpellier, 110 000 à Toulouse).